دوره 18، شماره 3 - ( 6-1400 )
جلد 18 شماره 3 صفحات 13-1 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Etemadi M, Bagherian M, Vaziri H. Two Binary Linear Programming Models for Haplotype Assembly Problem in Triploid Case. jor 2021; 18 (3) :1-13
URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1609-fa.html
URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1609-fa.html
اعتمادی مریم، باقریان مهری، وزیری حمیدرضا. دو مدل برنامه ریزی خطی دودویی برای مساله‌ی برهم‌گذاری هاپلوتایپ در حالت تریپلوئید. تحقیق در عملیات در کاربردهای آن. 1400; 18 (3) :1-13
گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت ، mbagherian@guilan.ac.ir
چکیده: (1867 مشاهده)
مساله‌ی برهم گذاری هاپلوتایپ عبارت است از یافتن هاپلوتایپ های منشأ تعدادی قطعه که از روش های توالی یابی به دست آمده اند. درحالت دیپلوئید که مربوط به جانداران جفت کروموزومی مانند انسان است، درپی یافتن دو هاپلوتایپ هستیم که هر کدام از خوانش ها از یکی از دو هاپلوتایپ نشأت گرفته باشند. این مساله در حالت دیپلوئید بسیار مورد مطالعه قرار گرفته و به دلیل NP-hard بودن به خاطر وجود خطاهای اجتناب ناپذیر دستگاه های توالی یابی، روش های دقیق حل آن از مرتبه‌ی نمایی هستند. به همین دلیل روش های سریع تر ولی تقریبی زیادی نیز برای آن ارایه شده اند. درحالت تریپلوئید درپی یافتن سه هاپلوتایپ هستیم به طوری که هر یک از خوانش ها نشأت گرفته از یکی از سه هاپلوتایپ باشند. حالت تریپلوئید بسیار مشکل تر از حالت دیپلوئید بوده و با چالش محاسباتی بیشتری مواجه است. به همین دلیل محققان کمتر به این مساله پرداخته اند. در این مقاله دو مدل برنامه ریزی خطی دودویی برای این مساله در دو حالت وجود و عدم وجود اطلاعات ژنوتایپ ارایه و کارایی محاسباتی آنها به کمک نرم افزار AIMMS روی داده های شبیه سازی شده مورد مطالعه قرار می‌گیرند. مدل های ارایه شده قابلیت تعمیم به پلوئیدی های بالاتر را نیز دارند.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
