دوره 15، شماره 4 - ( 10-1397 )                   جلد 15 شماره 4 صفحات 61-77 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Feizabadi R, Bagherian M. A New Mathematical Model for Haplotype Inference from Genotypes by Parsimony Criterion. Journal of Operational Research and Its Applications. 2019; 15 (4) :61-77
URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1515-fa.html
فیض آبادی رضا، باقریان مهری. یک مدل ریاضی جدید برای مساله استنباط هاپلوتایپ‌ها از ژنوتایپ‌ها با معیار پارسیمونی. تحقیق در عملیات در کاربردهای آن . 1397; 15 (4) :61-77

URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1515-fa.html


گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت
چکیده:   (86 مشاهده)
مساله استنباط هاپلوتایپ­ ها از ژنوتایپ­ ها یکی از مسایل مهم حوزه ریاضیات زیستی است. اهمیت این مساله به ­دلیل کاربردهای فراوان آن در تشخیص و درمان بیماری­های ژنتیکی همچون دیابت، آلزایمر و امراض قلبی است که موجب رقابت پژوهشگران در ارایه مدل­ های ریاضی بهتر و طراحی الگوریتم­های کاراتر برای حل این مساله شده است. علی­رغم پژوهش­های فراوان، به دلیل NP-hard بودن مساله همچنان نیاز به ارایه مدل­ های جدید و یا بهبود روش­های قبلی احساس می­ شود. استنباط هاپلوتایپ­ ها تحت معیارهای متفاوتی بیان می­ شود. پارسیمونی یکی از مهم­ترین آن هاست و در این مقاله مساله با این معیار مورد بررسی قرار گرفته است. روش ­های حل مساله استنباط هاپلوتایپ­ ها از ژنوتایپ­ ها با معیار پارسیمونی به دو دسته دقیق و تقریبی تقسیم می­ شود. اغلب روش­های دقیق مساله را به ­صورت یک مساله برنامه­ ریزی با اعداد صحیح فرمول­ بندی می­ کنند. اخیرا در مقاله ­ای یک مدل دقیق به نام10HI Base - برای این مساله ارایه شده که ابتدا به هر هاپلوتایپ و ژنوتایپ یک عدد متناظر کرده و سپس مدل را بر اساس این اعداد تشکیل می­ دهد که درآن هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه­ های هتروزیگوت به مساله تحمیل نمی­ شود. در این مقاله نیز با شیوه­ ای متفاوت به ژنوتایپ­ ها اعدادی متناظر کرده و بر اساس این اعداد یک مساله برنامه ­ریزی با متغیرهای دودویی و آمیخته می­ سازیم. در نتیجه این تبدیلات، مدل جدید، متغیر عدد صحیح نداشته و متغیرهای کم­تری نسبت به HI Base –10  دارد. به علاوه در مدل جدید هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه ­های هموزیگوت وجود ندارد و متغیرها به جایگاه­ های هتروزیگوت اختصاص داده می­ شوند. با توجه به تعداد زیاد جایگاه ­های هموزیگوت در مقایسه با جایگاه ­های هتروزیگوت در داده­ های واقعی ارزش این مدل مشخص می­ شود.
 
متن کامل [PDF 1184 kb]   (42 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: تخصصي
دریافت: ۱۳۹۶/۲/۱۰ | پذیرش: ۱۳۹۶/۸/۲

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA code

ارسال پیام به نویسنده مسئول