دوره 15، شماره 4 - ( 10-1397 )
جلد 15 شماره 4 صفحات 77-61 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Feizabadi R, Bagherian M. A New Mathematical Model for Haplotype Inference from Genotypes by Parsimony Criterion. jor 2019; 15 (4) :61-77
URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1515-fa.html
URL: http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1515-fa.html
فیض آبادی رضا، باقریان مهری. یک مدل ریاضی جدید برای مساله استنباط هاپلوتایپ‌ها از ژنوتایپ‌ها با معیار پارسیمونی. تحقیق در عملیات در کاربردهای آن. 1397; 15 (4) :61-77
گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت
چکیده: (2892 مشاهده)
مساله استنباط هاپلوتایپ ها از ژنوتایپ ها یکی از مسایل مهم حوزه ریاضیات زیستی است. اهمیت این مساله به دلیل کاربردهای فراوان آن در تشخیص و درمان بیماریهای ژنتیکی همچون دیابت، آلزایمر و امراض قلبی است که موجب رقابت پژوهشگران در ارایه مدل های ریاضی بهتر و طراحی الگوریتمهای کاراتر برای حل این مساله شده است. علیرغم پژوهشهای فراوان، به دلیل NP-hard بودن مساله همچنان نیاز به ارایه مدل های جدید و یا بهبود روشهای قبلی احساس می شود. استنباط هاپلوتایپ ها تحت معیارهای متفاوتی بیان می شود. پارسیمونی یکی از مهمترین آن هاست و در این مقاله مساله با این معیار مورد بررسی قرار گرفته است. روش های حل مساله استنباط هاپلوتایپ ها از ژنوتایپ ها با معیار پارسیمونی به دو دسته دقیق و تقریبی تقسیم می شود. اغلب روشهای دقیق مساله را به صورت یک مساله برنامه ریزی با اعداد صحیح فرمول بندی می کنند. اخیرا در مقاله ای یک مدل دقیق به نام10HI Base - برای این مساله ارایه شده که ابتدا به هر هاپلوتایپ و ژنوتایپ یک عدد متناظر کرده و سپس مدل را بر اساس این اعداد تشکیل می دهد که درآن هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه های هتروزیگوت به مساله تحمیل نمی شود. در این مقاله نیز با شیوه ای متفاوت به ژنوتایپ ها اعدادی متناظر کرده و بر اساس این اعداد یک مساله برنامه ریزی با متغیرهای دودویی و آمیخته می سازیم. در نتیجه این تبدیلات، مدل جدید، متغیر عدد صحیح نداشته و متغیرهای کمتری نسبت به HI Base –10 دارد. به علاوه در مدل جدید هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه های هموزیگوت وجود ندارد و متغیرها به جایگاه های هتروزیگوت اختصاص داده می شوند. با توجه به تعداد زیاد جایگاه های هموزیگوت در مقایسه با جایگاه های هتروزیگوت در داده های واقعی ارزش این مدل مشخص می شود.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
