TY - JOUR JF - JAMLU JO - jor VL - 15 IS - 4 PY - 2019 Y1 - 2019/1/01 TI - A New Mathematical Model for Haplotype Inference from Genotypes by Parsimony Criterion TT - یک مدل ریاضی جدید برای مساله استنباط هاپلوتایپ‌ها از ژنوتایپ‌ها با معیار پارسیمونی N2 - مساله استنباط هاپلوتایپ­ ها از ژنوتایپ­ ها یکی از مسایل مهم حوزه ریاضیات زیستی است. اهمیت این مساله به ­دلیل کاربردهای فراوان آن در تشخیص و درمان بیماری­های ژنتیکی همچون دیابت، آلزایمر و امراض قلبی است که موجب رقابت پژوهشگران در ارایه مدل­ های ریاضی بهتر و طراحی الگوریتم­های کاراتر برای حل این مساله شده است. علی­رغم پژوهش­های فراوان، به دلیل NP-hard بودن مساله همچنان نیاز به ارایه مدل­ های جدید و یا بهبود روش­های قبلی احساس می­ شود. استنباط هاپلوتایپ­ ها تحت معیارهای متفاوتی بیان می­ شود. پارسیمونی یکی از مهم­ترین آن هاست و در این مقاله مساله با این معیار مورد بررسی قرار گرفته است. روش ­های حل مساله استنباط هاپلوتایپ­ ها از ژنوتایپ­ ها با معیار پارسیمونی به دو دسته دقیق و تقریبی تقسیم می­ شود. اغلب روش­های دقیق مساله را به ­صورت یک مساله برنامه­ ریزی با اعداد صحیح فرمول­ بندی می­ کنند. اخیرا در مقاله ­ای یک مدل دقیق به نام10HI Base - برای این مساله ارایه شده که ابتدا به هر هاپلوتایپ و ژنوتایپ یک عدد متناظر کرده و سپس مدل را بر اساس این اعداد تشکیل می­ دهد که درآن هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه­ های هتروزیگوت به مساله تحمیل نمی­ شود. در این مقاله نیز با شیوه­ ای متفاوت به ژنوتایپ­ ها اعدادی متناظر کرده و بر اساس این اعداد یک مساله برنامه ­ریزی با متغیرهای دودویی و آمیخته می­ سازیم. در نتیجه این تبدیلات، مدل جدید، متغیر عدد صحیح نداشته و متغیرهای کم­تری نسبت به HI Base –10 دارد. به علاوه در مدل جدید هیچ متغیر و قیدی متناظر جایگاه ­های هموزیگوت وجود ندارد و متغیرها به جایگاه­ های هتروزیگوت اختصاص داده می­ شوند. با توجه به تعداد زیاد جایگاه ­های هموزیگوت در مقایسه با جایگاه ­های هتروزیگوت در داده­ های واقعی ارزش این مدل مشخص می­ شود. SP - 61 EP - 77 AU - Feizabadi, R. AU - Bagherian, M. AD - Department of Applied Mathematics, Faculty of Mathematical Science, University of Guilan, Rasht, Iran KW - Bioinformatics KW - Haplotype inference KW - Integer programming KW - Parsimony KW - Genotype UR - http://jamlu.liau.ac.ir/article-1-1515-fa.html ER -